1999年高校扩招后，大部分高校都开始扩建新建校区，一系列的大拆大建大部分是通过贷款来完成。虽然各省都出台了一些偿还贷款的补偿办法，但各高校仍负担大量贷款。
相关数据显示，截至2012年末，宁夏4所高校债务余额达4.93亿元。广东省在2007年一次性清偿近150亿元的高校债务。广东省教育厅基财处处长蔡文雅说，清偿之后，广东高校校均贷款余额从3亿元下降至1亿元。
知情人士透露，少数高校甚至资不抵债，每年收上来几千万学费，账面上的钱全部被银行截留，学校发展困难。有的学校多年无收支结余，只能通过流动资金贷款来维持学校的日常运转，按期偿还本息压力大。高校承载着巨大的还债压力，不得不减少科研投入和降低教职工待遇，最直接的影响是导致学校人才流失严重，教学科研质量下降。
部分高校行政机构庞杂，行政人员众多，行政开支大。一些学校追求形象工程和政绩工程，建豪华校园、景观大道，铺张浪费。特别是科研经费浪费惊人，经费使用缺乏有效论证和监管。
“提起我们学校，很多人首先想到的不是哪位名教授，而是花了几千万修建的校门。”江西一所大学大三学生王华说：“学生宿舍和自习室条件没见多大改善，教学楼、办公楼却越来越华丽，还新建了一个挂着‘学术交流中心’的高级酒店。”
多位高校负责人称，我国高校的主要资金来源是财政拨款。高校扩招后，一些省区的拨款没有跟上，学校只能依赖贷款和学费。
