一位农大教师告诉记者：“全农大都知道他的账不太清楚”，“主要还是转基因专项的钱的问题。转基因专项国家一次性投入过大，有200多亿元，最多的时候每年都有二三十亿元的预算，一个课题组可以拿到几百万元。”

　　“这钱对搞生物的来说是笔很大的钱，项目又要求两年花完，根本不可能花完，可劲儿花也花不完，尤其学校和科学院不同，学校里水电房租学生都是免费的，光科研上用不了多少钱。按道理到期花不完要交回去，但是没人愿意交回去，就转到自己办的公司里。”上述教师称。

　　记者查询到，李宁是国家重点基础研究发展计划(“973”计划)项目(课题)负责人之一。他主持的“973计划”及“重大科学计划”项目主要包括：农业动物遗传育种与克隆的分子生物学基础研究;猪、鸡重要经济性状遗传的分子机制;诱导多功能干细胞(iPS)猪与小型猪疾病模型等。

　　其中，李宁领衔的“猪、鸡重要经济性状遗传的分子机制”课题专项经费为1581万元，周期3年。这一项目由7个研究课题组成，包括中国农业大学、华中农业大学、江西农业大学等单位。其中，由李宁主持的“表观遗传和miRNA影响性状形成的机制”的单项课题经费为384万元。

　　我国于2008年启动转基因新品种培育重大专项，生物育种产业被列为七大国家战略性新兴产业之一，并预计在若干年内投资200亿元用于转基因研究。

　　2014年3月，财新网曾报道，中国农业大学校长柯炳生称，2013年，中国转基因生物新品种培育科技重大专项经费缩减至4亿元，高峰期曾有20亿元。报道还称，有参与转基因专项管理的专家透露，降幅可能在百分之三四十，甚至更高。

　　上述教师同样表示，在去年的转基因争议之后，“转基因专项钱控制得比较紧了，每个项目现在控制不超过300万元”。